1 of the 4956 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.4 nm) or the two-body cut-off distance (1.4 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck
Some interactions seem to be assigned multiple times
都是由于
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2021.11.23---抱歉！！！
今天看到篇日志有不少留言，都是问这么解决的，我重新看了一下发现从“都是由于”这里断了，之前博客日志储存有问题，导致解决方法丢了（设计储存空间过小，导致文章被截断了，数据找不回了）。
根据上面的意思可以加一个参数-rdd或者-ddcheck查看检测的结果，是不是原子超出边界之类的导致无法计算。
这些都是自己当年做毕设的时候做的日志，已经忘记了这么玩，抱歉了！