因为要用分子动力学研究我们的分子如何运作的，那么我们就需要对过程进行分析。我们一般用最终的gro文件和xtc轨迹文件进行动态分析。而将一段一段的轨迹（各个阶段的平衡轨迹和产品轨迹）下载下来后慢慢载入这样比较慢，也很麻烦。gromacs的设计者们提供了一个很方便的命令，就是gmx grjcat（5.0x版本以上）命令，这个命令可以将各个阶段的xtc组合成一个，然后用合并的就可以全程分析 了，多么方便啊
。
概要
gmx trjcat [-f [<.xtc/.trr/...> [...]]] [-o [<.xtc/.trr/...> [...]]][-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]] [-nice ] [-tu ]
[-xvg ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]vel]
[-[no]settime] [-[no]sort] [-[no]keeplast] [-[no]overwrite]
[-[no]cat]
描述
gmx trjcat按顺序连接几个输入轨迹文件。在双倍时间帧的情况下，使用稍后文件中的一个。通过指定-settime，您将被要求每个文件的开始时间。输入文件从命令行中取出，使得像gmx trjcat -f *这样的命令。trr -o固定。trr应该做的伎俩 使用-cat，您可以简单地将多个文件粘贴在一起，而不必删除具有相同时间戳的帧。
当输出文件在输入文件中时，推断出一个重要的选项。在这种情况下，附加的特定文件意味着您不需要存储双倍的数据量。显然，附加的文件必须是起始时间最短的文件，因为只能在文件末尾追加。
举个栗子：
我要将这6.2~7的xtc轨迹文件合并成一个，然后用下面的命令（会shell脚步的可以做出脚步自动弄，我就不弄了，直接抛出命令，虽然长点，还是很棒的
）：
gmx trjcat -f step6.2_equilibration.xtc step6.3_equilibration.xtc step6.4_equilibration.xtc step6.5_equilibration.xtc step6.6_equilibration.xtc step7_production.xtc -o combine.xtc
下面是执行效果：
Reading frame 1 time 40.000
Summary of files and start times used:
File Start time Time step
---------------------------------------------------------
step6.2_equilibration.xtc 0.000 ps 2.000 ps
step6.3_equilibration.xtc 0.000 ps 5.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.4_equilibration.xtc 0.000 ps 10.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.5_equilibration.xtc 0.000 ps 15.000 ps WARNING: same Start time as previous
step6.6_equilibration.xtc 0.000 ps 20.000 ps WARNING: same Start time as previous
step7_production.xtc 0.000 ps 40.000 ps WARNING: same Start time as previous
Reading frame 0 time 0.000
Last frame 500 time 1000.000
Reading frame 0 time 0.000
Last frame 200 time 1000.000
Reading frame 0 time 0.000
Last frame 100 time 1000.000
Reading frame 0 time 0.000
Last frame 50 time 750.000
Reading frame 0 time 0.000
Last frame 50 time 1000.000
Reading frame 0 time 0.000
Continue writing frames from step7_production.xtc t=0 ps, frame=0
Last frame 5000 time 200000.000 -> frame 5000 time 200000.000 ps
Last frame written was 5000, time 200000.000000 ps
0 0 1 2 3 4 5
2 1 0 2 3 5 4
第一个数字是时间，随后的数字指向轨迹指标。对应于第一行存在的数字的帧被收集到输出轨迹中。如果轨迹中的帧数不匹配。xvg文件，然后程序试图聪明。谨防。
以下是选项：
Options to specify input and output files:
-f [<.xtc/.trr/...> [...]] (traj.xtc) (Input)
Trajectory: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-o [<.xtc/.trr/...> [...]] (trajout.xtc) (Output)
Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Input, Optional)
Index file
-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (Input, Optional)
xvgr/xmgr file
Other options:
-nice <int> (19)
Set the nicelevel
-tu <enum> (ps)
Time unit: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg <enum> (xmgrace)
xvg plot formatting: xmgrace, xmgr, none
-b <time> (-1)
First time to use (ps)
-e <time> (-1)
Last time to use (ps)
-dt <time> (0)
Only write frame when t MOD dt = first time (ps)
-[no]vel (yes)
Read and write velocities if possible
-[no]settime (no)
Change starting time interactively
-[no]sort (yes)
Sort trajectory files (not frames)
-[no]keeplast (no)
Keep overlapping frames at end of trajectory
-[no]overwrite (no)
Overwrite overlapping frames during appending
-[no]cat (no)
Do not discard double time frames