vmd 做膜

草上飞 vmd 2721 0
  1. 用vmd做膜可以之间用扩展进行，也可以用命令进行，比如我用命令 
  2.  membrane -l POPE -x 46 -y 46 -o membrane -top c36
    这里用了POPE脂质，x和y的长度为46，输出膜的名字是membrane（默认也是这个），用的是c36这个top文件
  3. 大概一会就生成膜了。
  4. 这个是使用说明： 
  5. Usage: membrane -l <lipid> -x <xsize> -y <ysize> {-o <prefix>} {-top <topology>}
  <lipid> is lipid name (POPC or POPE; others as added)
  <xsize> and <ysize> are membrane sizes in X and Y (Angstroms)
  <prefix> is optional output file prefix (default "membrane")
  <topology> is optional and specifies lipid CHARMM topology ("c27" or "c36", default c27)

  6. 建成后会自动载入到vmd中

标签：

相关推荐

评论/留言